O ex-presidente, por ter sido condenado em segunda instância, é considerado inelegível pela Lei da Ficha Limpa.
Em decisões adotadas em casos envolvendo os governadores do Amazonas e do Tocantins, Barroso votou pela execução imediata da decisão do TSE, que era o afastamento do cargo, antes mesmo da apresentação de recursos pela defesa dos políticos condenados à perda do mandato.
Essa foi a posição vitoriosa no tribunal, o que acelerou a realização de eleições suplementares naqueles estados.
Até então, o TSE costumava aguardar que os recursos fossem julgados para determinar que a decisão entrasse em vigor. O argumento usado pela defesa de réus é que uma reversão do caso prejudicaria o político.
No entanto, nos casos de Amazonas e Tocantins, a posição vitoriosa no tribunal foi a de que a condenação era clara e irreversível e que recursos só serviriam para protelar a realização de eleições suplementares.